Het muZEEum beheert voor Zeeuwse begrippen een relatief grote collectie, met bijna 20.000 voorwerpen van verschillende eigenaren. De collectie is voornamelijk historisch en maritiem van aard. De zeearcheologische collectie is qua omvang en variëteit één van de belangrijkste in Nederland.

In het muZEEum kunt u diverse objecten uit de belangrijke Michiel de Ruytercollectie zien. Diverse schilderijen en objecten vertellen het verhaal van Michiel de Ruyter.

Topstukken in de collectie zijn onder andere een schilderij van Michiel de Ruyter van de hand van Ferdinand Bol, het schilderij ‘Gezicht op Vlissingen’ van Petrus Segaers, beide uit de zeventiende eeuw, verschillende andere voorwerpen uit de De Ruytercollectie en een vijftiende-eeuwse scheepskist.

De collecties die het muZEEum beheert zijn van de gemeente Vlissingen, van het Koninklijk Zeeuws Genootschap der Wetenschappen, een grote zeearcheologische collectie uit de VOC-tijd van de Staat der Nederlanden, diverse bedrijfshistorische collecties (Schelde KMS, PSD, Olauline, Loodswezen regio Scheldemonden, Waterschap Scheldestromen) en een aantal kunstcollecties (Wim Hofman, Jan Sanders, Leendert van der Pool). De munt- en penningencollectie en de tegelcollectie zijn uniek in Nederland. Een groot deel van de collectie is te bekijken via www.maritiemdigitaal.nl.